Los saldos de IVA pendientes de compensación no quedan protegidos por la prescripción. Así lo ha confirmado el Tribunal Supremo en su sentencia 988/2026, de 23 de julio de 2026 (rec. 5852/2023): aunque haya prescrito el derecho de Hacienda a liquidar un periodo de IVA, la Administración puede comprobar los saldos a compensar generados en ese periodo si se aplican después en periodos que todavía no han prescrito.
Es una resolución especialmente relevante para empresas y profesionales que arrastran saldos a compensar durante varios ejercicios. Te explicamos qué ha dicho el Supremo y qué implicaciones prácticas tiene.
Antecedentes del caso
El asunto se refería a unas liquidaciones de IVA de una sociedad correspondientes a los periodos 2015 a 2018. Durante la inspección, la Administración declaró prescrito el derecho a liquidar el primer, segundo y tercer trimestre de 2015, porque las actuaciones inspectoras habían superado su plazo máximo de duración.
Sin embargo, la Inspección comprobó igualmente el saldo de IVA pendiente de compensación que se trasladaba al cuarto trimestre de 2015, un periodo no prescrito. La empresa recurrió, entendiendo que ese saldo procedía de periodos ya prescritos y no podía revisarse.
Derecho a liquidar y potestad de comprobación: dos cosas distintas
La clave de la sentencia está en diferenciar dos facultades de la Administración:
- El derecho a liquidar, sujeto a los plazos de prescripción del artículo 66 de la Ley General Tributaria (LGT).
- La potestad de comprobación e investigación, que es autónoma y puede proyectarse sobre hechos o créditos fiscales nacidos en periodos prescritos cuando producen efectos en periodos no prescritos.
Esta separación se reforzó con la Ley 34/2015, que modificó los artículos 66 bis y 115 de la LGT. En particular, el artículo 66 bis fija un plazo de diez años para que la Administración pueda iniciar la comprobación de determinadas bases o cuotas compensadas o pendientes de compensación y de deducciones.
Los saldos de IVA pendientes de compensación son créditos fiscales
Una de las cuestiones centrales era si los saldos de IVA pendientes de compensación encajaban en el artículo 66 bis LGT, ya que técnicamente en el IVA se traslada un saldo resultante del exceso de cuotas soportadas deducibles sobre las devengadas.
El Tribunal Supremo responde que la denominación no es lo relevante. Desde un punto de vista material, el saldo a compensar es un auténtico crédito fiscal, cuya aplicación afecta directamente a la deuda tributaria del periodo posterior. Por tanto, está sometido al régimen del artículo 66 bis y puede comprobarse su realidad y cuantía.
Doctrina fijada por el Tribunal Supremo
El Supremo establece expresamente que, tras la reforma de la Ley 34/2015:
- La Administración puede comprobar los saldos de IVA pendientes de compensación generados en periodos prescritos.
- Siempre que se apliquen en periodos posteriores no prescritos y la regularización de estos exija verificar su realidad y cuantía.
- Y respetando los límites del artículo 66 bis LGT.
En la práctica, la prescripción impide liquidar el periodo de origen, pero no impide comprobar el crédito si sigue produciendo efectos en un periodo abierto. En el caso analizado, el Tribunal desestima el recurso de la sociedad y avala la actuación de la Inspección.
Qué implica para empresas y profesionales
Esta sentencia tiene consecuencias directas en la gestión del IVA:
- Conserva la documentación que justifica los saldos a compensar (facturas recibidas, libros registro, autoliquidaciones) mientras esos saldos sigan aplicándose, y como referencia hasta diez años.
- Revisa los saldos arrastrados de ejercicios antiguos antes de compensarlos, para confirmar que están correctamente soportados.
- Valora la solicitud de devolución cuando sea posible, en lugar de arrastrar indefinidamente saldos a compensar.
- No des por cerrado un periodo solo porque haya prescrito el derecho a liquidar: sus efectos pueden revisarse en ejercicios posteriores.
Si te interesa profundizar en esta materia, te recomendamos también nuestro artículo sobre la deducción y compensación de cuotas de IVA como derecho del contribuyente.
Preguntas frecuentes
¿Puede Hacienda revisar un saldo de IVA de un periodo prescrito?
Sí, si ese saldo se compensa en un periodo posterior no prescrito. Puede comprobar su realidad y cuantía, aunque no liquidar el periodo de origen.
¿Cuál es el plazo máximo para comprobar estos saldos?
El artículo 66 bis LGT establece un plazo de diez años para iniciar la comprobación de cuotas compensadas o pendientes de compensación.
¿Qué documentación conviene guardar?
Facturas, libros registro y autoliquidaciones que justifiquen el origen del saldo mientras se siga aplicando.
Conclusión
La prescripción no «blinda» los saldos de IVA pendientes de compensación. Cuando un saldo nacido en un periodo prescrito se utiliza más adelante, Hacienda puede comprobar su procedencia dentro de los límites del artículo 66 bis LGT.
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