Una reciente sentencia del Tribunal Superior de Justicia de Madrid ha reforzado una cuestión especialmente relevante para empresas y profesionales: la deducción y compensación de cuotas de IVA no constituye una opción tributaria, sino un auténtico derecho del contribuyente.
La Sentencia nº 105/2026, de 25 de febrero de 2026, estima el recurso presentado por una sociedad mercantil y concluye que los contribuyentes pueden solicitar la rectificación de una autoliquidación de IVA para incluir cuotas no compensadas inicialmente, incluso una vez finalizado el plazo reglamentario de presentación, siempre que el derecho no haya prescrito.
Se trata de una resolución con importantes consecuencias prácticas para miles de empresas que, por errores materiales o incidencias administrativas, no hayan ejercitado correctamente su derecho a la deducción y compensación de cuotas de IVA.
La deducción y compensación de cuotas de IVA en el caso analizado
El litigio tiene su origen en una autoliquidación de IVA presentada por una sociedad integrada en el régimen especial del grupo de entidades.
Al confeccionar el modelo correspondiente al mes de abril de 2021, la empresa cometió un error material y omitió consignar cuotas pendientes de compensación procedentes de períodos anteriores por importe de 6.773,54 euros.
Una vez detectado el error, la entidad solicitó la rectificación de la autoliquidación al amparo del artículo 120.3 de la Ley General Tributaria.
Sin embargo, la Agencia Tributaria rechazó la solicitud al entender que la inclusión de dichas cuotas constituía una opción tributaria y que, por tanto, no podía modificarse una vez finalizado el plazo voluntario de presentación.
Posteriormente, el Tribunal Económico-Administrativo Regional de Madrid confirmó el criterio administrativo.
¿Es la deducción y compensación de cuotas de IVA una opción tributaria?
La cuestión central del procedimiento consistía en determinar la naturaleza jurídica de la compensación de cuotas de IVA.
La diferencia es fundamental desde el punto de vista tributario.
Si se considera una opción tributaria, el contribuyente no puede modificar su decisión una vez finalizado el plazo reglamentario de presentación de la declaración.
Por el contrario, si se trata de un derecho reconocido por la normativa tributaria, podrá ejercitarse mediante la rectificación de la autoliquidación siempre que no haya prescrito.
El TSJ de Madrid concluye que la deducción y compensación de cuotas de IVA constituye un derecho del sujeto pasivo y no una opción tributaria.
La doctrina del Tribunal Supremo sobre la deducción y compensación de cuotas de IVA
La sentencia se apoya en una sólida línea jurisprudencial del Tribunal Supremo.
En particular, el TSJ cita las sentencias de 23 de febrero de 2023 y de 25 de abril de 2023, en las que el Alto Tribunal ya había establecido que el derecho a deducir el IVA soportado no puede equipararse a una opción tributaria.
Según el Tribunal Supremo, para que exista una verdadera opción tributaria deben concurrir dos requisitos:
Existencia de alternativas legales excluyentes
La norma debe ofrecer al contribuyente la posibilidad de elegir entre distintos regímenes fiscales incompatibles entre sí.
Manifestación expresa de voluntad
La elección debe realizarse de manera clara, consciente e inequívoca por parte del contribuyente.
En el caso del IVA, estas circunstancias no concurren.
La Ley del IVA simplemente reconoce el derecho a deducir las cuotas soportadas dentro del plazo legal de cuatro años, sin exigir una elección entre alternativas incompatibles.
Por ello, la deducción y compensación de cuotas de IVA no puede calificarse como una opción tributaria.
El error material no implica una renuncia al derecho
Otro aspecto especialmente relevante de la sentencia es la valoración del error cometido por la empresa.
La Sala considera que la omisión de las cuotas pendientes de compensación obedeció a una mera errata en la cumplimentación de la declaración.
No existió ninguna manifestación expresa de voluntad encaminada a renunciar al derecho de compensación.
Según el Tribunal, no resulta razonable interpretar que el simple hecho de dejar una casilla sin cumplimentar correctamente implique la pérdida automática de un derecho reconocido legalmente.
Aceptar esta interpretación supondría una limitación desproporcionada de los derechos del contribuyente y sería contrario a los principios que inspiran el sistema del IVA.
El principio de neutralidad del IVA refuerza esta interpretación
La sentencia recuerda además que el IVA se basa en el principio de neutralidad fiscal.
Este principio implica que las empresas y profesionales no deben soportar económicamente el impuesto cuando actúan como intermediarios en la cadena de producción y distribución.
La posibilidad de deducir y compensar cuotas constituye precisamente uno de los mecanismos esenciales para garantizar dicha neutralidad.
Por ello, cualquier restricción injustificada al ejercicio de este derecho debe interpretarse de forma restrictiva.
La doctrina fijada por el TSJ de Madrid contribuye a reforzar esta protección y evita que errores formales generen perjuicios económicos desproporcionados.
Consecuencias prácticas para empresas y autónomos
Esta resolución tiene una aplicación práctica muy relevante.
A partir de este criterio jurisprudencial, los contribuyentes pueden defender con mayor seguridad jurídica la rectificación de autoliquidaciones cuando hayan omitido cuotas deducibles o compensables.
Entre las principales consecuencias destacan:
- La deducción y compensación de cuotas de IVA constituye un derecho del contribuyente.
- La omisión de cuotas en una declaración no supone automáticamente una renuncia.
- Las autoliquidaciones pueden rectificarse para incorporar cuotas olvidadas o incorrectamente declaradas.
- El plazo para ejercer este derecho continúa siendo el plazo general de cuatro años previsto en la normativa tributaria.
- Se refuerza el principio de neutralidad del IVA y la protección de los derechos de los obligados tributarios.
Conclusión
La Sentencia nº 105/2026 del Tribunal Superior de Justicia de Madrid consolida una doctrina especialmente favorable para empresas y profesionales. La deducción y compensación de cuotas de IVA no constituye una opción tributaria sujeta a las limitaciones del artículo 119.3 de la Ley General Tributaria, sino un derecho que puede ejercitarse mediante la rectificación de autoliquidaciones.
Este criterio permite corregir errores materiales sin perder derechos económicos legítimos y refuerza la seguridad jurídica de los contribuyentes frente a interpretaciones excesivamente restrictivas de la Administración Tributaria.
Para las empresas, esta resolución supone una herramienta muy valiosa para revisar declaraciones anteriores y garantizar el correcto ejercicio de sus derechos en materia de IVA.